Eglė Rudokaitė baigė fortepijono specialybę ir vargonų fakultatyvą Nacionalinėje M.K.Čiurlionio menų mokykloje. 2017–2023 m. studijavo Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje, doc. dr. Balio Vaitkaus vargonų klasėje, 2023 m. baigė magistrantūros studijas. 2016 m. J.S.Bacho jaunųjų pianistų konkurse Vilniuje laimėjo I premiją ir laureatės diplomą, tais pačiais metais pelnė II premiją Vilniuje vykusiame Jono Žuko jaunųjų vargonininkų konkurse. 2019 m. tapo VII Juozo Naujalio vargonininkų konkurso I premijos laureate bei pelnė specialų prizą už geriausią J.Naujalio kūrinio interpretaciją. 2020 m. už studijų pasiekimus jai skirta Lietuvos Respublikos Prezidento Antano Smetonos vardinė stipendija. 2022 m. laimėjo I premiją Jūrmalos (Latvija) tarptautiniame vargonininkų konkurse. Aktyviai koncertuoja solo ir su įvairiais kameriniais ansambliais, surengė rečitalius Vilniaus arkikatedroje, Vilniaus Šv. Dvasios ir Šv. Kazimiero bažnyčiose, Kauno katedroje, Klaipėdos Šv. Pranciškaus Asyžiečio koplyčioje, Ruano Šv. Onos bažnyčioje (Prancūzija), Zalcburgo katedroje (Austrija), Romos Šv. Antano Paduviečio bažnyčioje (Italija) ir Prien am Chiemsee Švč. Marijos Ėmimo į dangų bažnyčioje (Vokietija). Nuo 2020 m. ji vargonuoja Vilniaus arkikatedroje bazilikoje, nuo 2021 m. dirba koncertmeistere Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje. Yra Nacionalinės vargonininkų asociacijos narė, nuo 2023 m. – valdybos narė. 2025 m. dalyvavo įrašant M.K.Čiurlionio vargoninių kūrinių dvigubą CD albumą. 2026 m. magistro laipsniu baigė Miuncheno aukštąją muzikos ir teatro mokyklą (prof. dr. Martino Sanderio klasė). Nuo 2026 m. vargonų ir senosios muzikos studijas pratęs LMTA meno doktorantūroje.